Kung Frederik (I) hyllas förvisso som ny kung 1523 vid Lerbäckshögen, men entusiasmen bland de inflytelserika skåningarna var måttlig. Frederiks tillträde betydde nämligen en återgång till den tid som gällt innan Christian II:s lagstiftning. Frederiks två första år blev därför mycket oroliga på grund av skånelänningarnas motstånd mot "adelskungen".

Missnöjes bland skåningarna växer till den grad att den avsatte kungen Christian II tar chansen utropar sig till kung över Skåneland, Rex Scaniae, vid Lerbäckshögen.

Åsså blir det krig igen. Den skåneländska hären leds av Søren Norby, länsherre över Gotland, och man lyckas inta Skåne och Blekinge, utom fästena. Malmø intas ej, Helsingborg belägras. En sjælländsk och tysk här under ledning av Johan Rantzau går i land och samma år faller avgörandet vid de två fältslagen vid Lund och Bunketofta lund öster om Helsingborg till kung Frederiks styrkors fördel. Christian II tvingas fly igen, men återkommer 1531 med en här till Norge. Året därpå skulle Christian II åka till förhandlingar i Flensborg, men kung Frederik bryter sitt löfte om fri lejd och griper och fängslar Christian.

Det är också Frederik som genom diplomatisk skicklighet understöder protestanismens utbredning i Danmark och speciellt i Malmø, där de främsta reformatorerna blir Claus Mortensen Tøndebinder och Hans Spandemager.

Rigedom står det i rubriken, och den tillfaller inte bara högadeln i Skåne. Som ett tecken på Danmarks storhet tävlar nu de båda danska städerna København och Malmø om vilken stad som är den mest betydelsefulla i Norden. Denna Beauty contest vinns av København som är den kulturella huvudstaden medan Malmø den finansiella.

1524 Den danska översättningen av Nya Testamentet ges ut. Två av de tre översättarna är skåningar; Hans Michelsen, f.d. borgmästare i Malmø och Henrik Smith. Båda hade följt Christian i landsflykt. Bokens kulturella och språkliga genomslag torde ha varit stort, vilket ställer det skånska språkets inflytande på det framväxande riksdanska i en intressant dager, då två av bokens författare var skåningar. Det finns, tyvärr även i akademiska kretsar, fördomar mot 1500-talsmänniskan, men senare forskning har visat att man var både läskunnig och mycket nyfiken på världen utanför den egna gränden. Så Bibeln lästes bland gemene man och de som inte kunde läsa fick den uppläst. Allt på klingande östdanska, vare sig det är i Varberg, Wää eller i Ronneby.

År 1527 Martin Luthers lära börjar predikas i Malmø. Predikan är på danska och uppslutningen lär ha varit stor, då den katolska predikan skedde på latin, ett språk som ytterst få förstod. Tre år senare utkommer Malmøbogen som handlar om reformationen i Malmø, skriven av Peder Laurentsen.

När Fredrik dör 1533, skall en ny kung tillsättas. Då den tilltänkte Christian av Holstein var lutheran och det hade stadgats i Københavns recess året innan i samband med Frederiks död att landet var katolskt, blev detta faktum startskottet för Danmarks största inbördeskrig; Grevefejden. Och återigen skulle skåningar påverka utgången. Läget komplicerades då staden Lübeck tillsammans med bönder och borgare krävde Christian II återinsatt (igen!) som kung. Christian II satt sedan 1532 fängslad på Sønderborgs slott. Hans barndomsvän, borgmästaren i København Ambrosius Bogbinder och Malmøs borgmästare Jørgen Koch stod på Christian II:s och borgarnas sida, ledda av greve Christoffer av Oldenburg. Under Christoffers ledning och med bistånd av hansestäderna, intas större delen av Sjælland och Skåne. På båda sidor sundet lär borgare och bönder entusiastiskt slutit upp bakom greve Christoffers styrkor. Men understödd av svenska styrkor går Christian III:s styrkor segrande ur striden, och i Skåne har Gustav Eriksson Vasas trupper gått över gränsen och fått stöd av den skånska adeln, troligen för att de inte ville se den i deras ögon lite väl för bonde- och borgarvänlige Christian II återvald som kung. Christian III hyllas som kung vid Lerbäckshögen i Lund 1534 .

År 1536 införs reformationen i Danmark, vilket innebär att landet blir protestantiskt. Detta blir slutet på ärkebiskopens och Lunds storhetstid, och därmed försvinner ett viktigt maktcentrum i Skåneland. Kvar som politisk makt finns nu adeln, som var väl förankrad i den skånska myllan. Kyrkan fick se sina privilegier helt försvinna; inga egna arméer med järnklädda ryttare, inget Bornholm som fristående provins, inga 10 procent av Skånes odlade jord i avgift och med samtliga sex slott konfiskerade, fick nu den nye superintendenten nöja sig med en av domkapitlet ägd gård och sex tjänstehjon. Biskopsbenämningen försvann dock ej urfolkmun och blev senare återinförd.

Samtidigt är detta startskottet för den tid som i Danmark kommer att kallas adelsvældens tid och kommer att vara tills enväldets proklamerande 1660. Danmark var ännu ett valrike och riksrådsadeln kunde införa varje kungaval ställa gynnsamma krav. Inom adelsståndet utkristalliseras så småningom en snäv krets av släkter som får tillgång till rikets toppositioner, medlem i rigsrådet eller som lendsænd, och kan legitimt tillskanska sig stora privatekonomiska vinster. Influenserna från kontinenten, bland annat en övergång till större agrara brukningsenheter, gör att det från mitten av 1500-talet fram till 1658 byggs privata praktslott i renässansstil i synnerhet i Skåne och på Fyn.

Christians son Frederik II blir kung 1559. Trots att han var bosatt fem år på Malmøhus slott innan han blev kung, talade han inget annat än plattyska. Samma år som Frederik blir kung över Danmark bryter Karl IX in i Skåne. Wæ bränns igen. Det krig mot Sverige som skulle kallas "sjuårskriget" startar 1563 och avslutas 1570.

När Kronborgs slott 1574 börjar byggas hämtas stenarna från Helsingborg, Tinkarp, Pålskøb och Larød i Skåneland.

Fredrik ville samla så mycket krongods som möjlig på Sjælland och började därför byta bort kronans gods i Skåne. Innebörden blev att flera kyrkliga gods hamnade i adelns händer, vilket är förklaringen till att flera av de skånska adelsgodsen bär namn med efterleden -kloster, exempelvis Bosjökloster, Övedskloster och Herrevadskloster. Det är också under Frederik II:s regenttid som Skånelands mest berömde astronom börjar sitt arbete, Tyge Brahe. I 1572 upptäcker han en stjärna i stjärnbilden Cassiopeia och året därpå ger han ut boken De nova stella. 1576 inrättar han ett astronomiskt observatorium - Uranienborg, på Hven efter att kung Frederik förlänat honom ön. Observatoriet står färdigt 1580

1584 hyllas Frederiks son Christian som tronföljare på Lerbäckshögen. Detta blir den sista hyllningen av en dansk kung på denna plats. Kung Frederik förordnar 1586 att endast København, Malmø och Ribe får ha landstingsrätt.