En bit in på 1000-talet så sker en omsvägning i makten. Från att tidigare ha varit mest en skånsk angelägenhet vem som skall vara kung över Danmark så kommer nu allt färre kungapretendenter från Skåneland. Istället installeras en ny makt på skånsk mark, nämligen den kristna kyrkan.

Det börjar år 1060 då kung Svend Ulfsen-Estridsøn lägger grunden till stenkyrkan i Dalby. omkring denna tid omorganiseras de danska biskopsstiften och Skåne delas in i två stift; Lund och Dalby. Engelsmannen Henrik blir biskop i Lund, medan Egino tar säte i Dalby. Troligen hade Lundabiskopen Halland och västra Skåne som sitt område medan Dalbybiskopen ägnade sig åt östra Skåne, Blekinge och Bornholm. Adam av Bremen berättas att Egino kristnat flera folk

"som varit avgudadyrkare, nämligen de barbarer, som kallades blekingar och de som bor på ön Holm (Bornholm)".

Samme Adam beskriver 1070, i sitt brev om det hamburg-bremiska ärkestiftets historia, Skåne som

"det vackraste landskapet i Danmark, varför det också har ord om sig att vara väl försett med män, rikt på markens frukter, gott försett med köpmansvaror och är numera även fullt av kyrkor. Och Skåne, som nu är fullt av kyrkor, har dubbelt så många kyrkor som Sjælland, d.v.s. 300, medan Jylland endast lär ha hälften så många och Fyn endast en tredjedel." (nyöversättning av Allan A Lund)

Svend Ulfsen-Estridsøns son kom att gå till historien. Men inte som den typiske vikingakung han var där tiden hade sprungit ifrån honom, exempelvis samlade han 1085 omkring 1 000 vikingaskepp för att angripa England, men anfallet kom av sig. Knud II den Hellige skapade dessutom missnöje då han införde ett kyrkotioende, "nefgjald", som han dessutom utkrävde med hårda metoder, bl.a. genom konfiskation av gårdar.

Men det finns två ting som kommer att göra honom berömd så att vi idag nästan 1000 år senare fortfarande vet vem han var. Han överlämnar genom ett gåvobrev den 21 maj 1085 stora jordegendomar åt Lunds domkyrka, vilket är det äldsta nordiska dokument, vars ordalydelse är bevarad. Och Knud och hans bror Benedikt mördas framför altaret i Sankt Albanikirken i Odense 1086. Med dessa "bedrifter" kom han femton år efter sin död får tillnamnet fick Knud "den Hellige". Och mannen som fick Knud helgonförklarad var den yngre brodern och kungen Erik Ejegod=evigt Herren god. Det är tack vare kung Erik vi får ett ärkebiskopssäte i Lund, fritt från det i Hamburg-Bremen. År 1098 lyckas Kung Erik vid ett besök i Rom att få sin bror Knud kanoniserad, varefter denne år 1101 upphöjs till "den Hellige". Erik framför även önskemål om att inrätta ett nordiskt ärkebiskopssäte i Danmark. Påven skickar en legat för att sondera terrängen för lokaliseringen av ärkebiskopssätet. 1100 ger påven Erik Ejegod rätt att inrätta ett ärkebiskopdöme för hela Norden, med säte i Lund. Asser Svenssøn får det ärofyllda uppdraget att 1103 bli den förste ärkebiskopen i Norden. Trots att Norge (Nidaros, nuv. Trondheim) 1153 och Sverige (Gamla Uppsala) 1164 fick egna ärkebiskopar kom biskopen i Lund att fortsätta inta en särställning. 1103 beger sig Erik Ejegod med sin hustru Bodil på pilgrimsfärd till Jerusalem, men insjuknar och dör på Cypern, där han också ligger begravd. Året därpå, 1104, lösgörs Norden formellt från det Hamburg-Bremska ärkestiftet. Byggmästaren Donatus hämtas från Italien och domkyrkobygget i Lund påbörjas. Det är också på 1100-talet som medlemmar ur danska kungafamiljen börjar få titeln greve av Halland. Provinsens avlägsna läge gentemot den nya centralregeringen samt tillika gränsland mot Sverige gjorde det extra viktigt för kungen att ha en pålitlig företrädare på plats. Från början avsågs grevskapet en mindre del av Halland, oftast ett område i södra Halland.

Kyrkotäthet i Skåne under tidig medeltid © Sven Rosborn 1984

Kung Erik II Emune=den evigt minnesvärde, var inte bara Erik Ejegods son, utan även den som gjorde Lund till huvudstad i Danmark! När han blir kung 1131 visar han hur långt maktförskjutningen gått till kyrkans fördel. Till viss del fick Lund denna ära för att skånelänningarna ställde sig på Eriks sida i en strid om tronen men framför allt för att den lundensiske ärkebiskopen Asser ställt sig på Eriks sida och inför hotet att Hamburg-Bremen, med påvens vägsinelse, skulle återfå sin tidigare kyrkliga överhöghet i Norden var det viktigt med en klar politisk markering.

1167-1171 Den skånska kyrkorätten nedtecknas.

Landstinget kom att bli Skånes högsta rättsinstans, där förhandlingarna leddes av landsdomaren, utsedd av kungen. Även Halland och Blekinge kom att få motsvarande landsting, men det skånska hade en särställning i att den danske kungen ej var legitim förrän han hyllats även vid det skånska landstinget. På landstinget kanaliserades också återkommande skånskt missnöje med politiska förhållanden, vilket gör landstinget till en viktig grund för skapandet av en skånsk mentalitet. Tinget styrdes av Nordens äldsta lag, den Skaanske Lov, vilken gällde för provinserna Halland, Skåne, Blekinge och Bornholm. Utöver sin funktion som juridiskt likritare kom lagen också att stärka mentaliteten mellan dessa fyra provinser som Skåneland bestod av.

År 1213 sammanställer och översätter ärkebiskopen Skånelagen till latin.
Cirka år 1215 skriver Andreas Sunesen Hexaëmeron, vilket blir det första stora vetenskapliga arbete som skrivs i Lund. Verket om de sex skapelsedagarna publiceras 1892 och på danska 1985.
År 1241 förskjuts Hallands och därmed Danmarks gräns 20 km söderut för att ge en svensk "korridor" till Kattegatt.

Skåningarna visar sig kunna organisera sig till ett motstånd som ofta stoppar den danske kungens påbud. Exempelvis Erik IV Plovpenning försöker under mitten av 1200-talet att införa en lag att skatt skulle betalas per ägd plog, och får tillmälet Plovpenning i Skåneland. Enligt berättelser ska Erik stämt möte i Lund med bönderna (på latin "rusticis"), men tvingats fly till Helsingborgs borg. Efter att ha lyckats fly till Sjælland återkommer han till Skåne och med vapenmakt tvingar han skånelänningarna att betala plogskatten.

Inte bara storbönderna visar prov på egensinnighet. Under de närmaste århundradena kommer ärkebiskopen att spela en stor roll i tillsättandet av nya danska kungar. Eftersom biskopen satt i Lund, och skåningarna (läs: stormännen och den begynnande adeln) redan verkade ha ett rykte om sig att vara uppstudsiga formas snart ett lyckligt äktenskap mellan kyrkan och delar av, i bland hela, den skånska adeln.

Under 1200-talet går ärkebiskoparna ständigt emot de danska kungarna, dels för att man tog order av rom och denast Rom, men också för att kyrkan var stora landägare i Skåneland och värnade om sin egen status och rikedom. Den mest dramatiska konflikten är den mellan Erik Mændved och ärkebiskop Jens Grand som varar mellan 1294-1302. I 1294 fängslar kungen ärkebiskop Jens Grand då denne vägrar lyda under den danska kronan. Två år senare, 1296, lyckas Jens Grand fly. Från sin flyktbostad kräver han dels skadestånd och dels återupprättande som ärkebiskop. Kung Erik vägrar och påven utlyser 1299 återigen interdikt över Danmark. Tre år senare, 1302, görs en överenskommelse mellan kungen och påven, varpå interdiktet hävs. Isarnus efterträder som ärkebiskop. Men den nye ärkebiskopen ställer sig så småningom på upprorsmakarnas sida och det hela slutar i att Danmark ånyo får en ny kung, Christoffer II. Och så håller det på.

Kyrktätheten i form av genomsnittlig landareal per kyrka, är nu generellt i Danmark 25 kvkm per socken. I Skåneland 38 kvkm, enbart Skåne 29 kvkm och i sydvästra Skåne, ungefär tidigare Malmøhus län endast 20 kvkm. Detta ska jämföras med Östergötlands 67 kvkm eller nuvarande Uppsala län på 59 kvkm.

Skånemarknaden, försäljningen av sill i framför allt Skanør och Falsterbo är nu den mest betydande i norra Europa. Skånemarknaden ger skåningarna ett stort välstånd, men skapar också konflikter med Sverige och med Hansan.